Doğu Türkistan’ın Hoten şehrinde dünyaya geldi. Babası bölgenin saygın din âlimlerinden Pîr Âbidin Hacı, annesi 1860’lı yıllarda Hoten ve çevresinde hüküm süren Hoten Hanlığı’nın kurucusu Abdurrahman Paşa’nın ikinci göbekten torunu Sekîne Bânû’dur. İlk tahsilini Hoten şehrinde tamamladı. Babasının ve arkasından annesinin vefatı üzerine dayısı âlim ve tabip Mehmet Niyaz Hacı’nın himayesinde eğitimini sürdürdü. Hoten’in Karakaş beldesindeki Oybağ Medresesi’nde okudu. İslâmî ilimlerle Arap ve Fars dillerinde yüksek tahsilini tamamladı (1921). Aynı medresede 1922-1930 yıllarında İslâmî ilimler alanında ders verdi. İlmi ve hitabet yeteneğinden dolayı kısa zamanda bölgede saygın ve nüfuzlu din âlimlerine verilen “Hazretim” unvanını aldı. 1931’de altı aylık bir yurt gezisine çıktı. Bu süreçte her kesimden insanla tanıştı ve fikir alışverişinde bulundu. Aynı zamanda bölgedeki Çin varlığı ve askerî durumu hakkında bilgi edindi. Kulca’da din âlimi Sâbit Dâmolla ile tanışması hayatında önemli bir dönüm noktası teşkil etti. Onunla yaptığı görüşmeler sonunda bağımsızlık amacıyla Çin’e karşı silâhlı ayaklanmanın gerekli olduğuna kanaat getirdi. Hoten’e dönünce Eylül 1932’de Millî İnkılâp Teşkilâtı’nı kurdu. 14 Şubat 1933’te Karakaş’ta ilk ayaklanmaları başlattı, bir ay içinde bütün Hoten iline hâkim oldu. Aynı yıl Hoten İslâm hükümeti adıyla geçici bir yönetim kuruldu, yönetimde kendisi de başkumandan olarak görev aldı.

15 Haziran 1934’te Ma Huşan (Ma Hushan) birliklerinin saldırılarında yenilgiye uğrayan Buğra, 14 Temmuz 1934’te Doğu Türkistan ile Hindistan sınırındaki dağlara çekildi, ardından Kâbil’e yerleşti. Başta Türkiye olmak üzere çeşitli ülkelerde yürüttüğü yurt dışı temaslarını tamamlayıp Çin’e dönüş yolunda olan İsa Yusuf Alptekin ile 2 Kasım 1939’da Kâbil’de karşılaştı. Türkiye’nin Kâbil Büyükelçisi Memduh Şevket Esendal’ın da tavsiyesi üzerine, bu tarihten sonra Doğu Türkistan mücadelesini Alptekin’le birlikte siyasî yollarla devam ettirme kararı aldı. 1942’de Afganistan’dan Hindistan’a geçen Mehmet Emin Buğra, o sırada bölgeyi elinde bulunduran İngilizler tarafından tehlikeli görülüp Peşâver’de altı ay boyunca hapiste tutuldu. 8 Ocak 1943’te Çin’e gitmek şartıyla serbest bırakıldı. 4 Nisan 1943’te Çin’in II. Dünya Savaşı yıllarındaki başkenti Çongçing’e (Chongqing) geldi. Burada Mesut Sabri Baykozi, İsa Yusuf Alptekin ve Kadir Efendi ile Yurttaşlar Cemiyeti adıyla bir teşkilât kurdular. Teşkilâtın hedefi gerek dönemin siyasal erki Çin Milliyetçi Partisi (Guomindang) nezdinde gerekse Çin kamuoyunda Doğu Türkistan meselesini gündeme getirmek ve mevcut imkânları kullanarak Doğu Türkistan lehine siyasî çözümler geliştirmekti. Yurttaşlar Cemiyeti, Doğu Türkistan’ın siyasî, iktisadî ve kültürel sorunlarına çözümler sunmak üzere hazırladığı, Sincan (Şinjiang) adının Doğu Türkistan olarak değiştirilmesi ve Doğu Türkistan halkının Türk kimliğinin tescili gibi önemli teklifler içeren on dokuz maddelik taslak bir metni o dönemde yazılmakta olan yeni Çin anayasasında yer alması için 13 Ekim 1944 tarihinde ilgili komisyona sundu. Hemen ardından Buğra’nın hükümet gazetesi Congyang Ribao’nun (Zhongyang Ribao) 21 Ekim 1944 tarihli sayısında yayımlanan “Şinjiang/Sincan Değil Doğu Türkistan” ve “Doğu Türkistanlılar Türk’tür” başlıklı yazıları Çin’de büyük yankı uyandırdı. Buğra ve arkadaşları tarafından yürütülen bütün bu propaganda ve lobi çalışmaları Doğu Türkistan meselesine daha ılımlı yaklaşılmasına önemli katkılar sağladı.

Doğu Türkistan’ın kuzeyinde bulunan İli (Kulca), Tarbagatay ve Altay illerinde yürütülen ve Üç Vilâyet İnkılâbı adıyla bilinen millî mücadele hareketinin neticesinde 12 Kasım 1944’te Ali Han Töre (Saguni) liderliğinde merkezi İli olan Şarkî Türkistan Cumhuriyeti ilân edildi. Bu gelişmenin Doğu Türkistan mücadelesinde yeni bir dönemin başlangıcı olabileceğini düşünen Mehmet Emin Buğra, aralarında Mesut Sabri Baykozi ve İsa Yusuf Alptekin’in de bulunduğu bazı dava arkadaşlarıyla birlikte 17 Ekim 1945’te Urumçi’ye döndü. Ahmet Can Kāsımî başkanlığındaki İli heyetiyle yapılan görüşmeler neticesinde 6 Haziran 1946’da farklı siyasî grupların temsil edildiği Birleşik Eyalet Hükümeti kuruldu. Buğra bu hükümette önemli görevler üstlendi; Temmuz 1946’da imar bakanı, 29 Aralık 1948’de de başkan yardımcısı oldu. Aynı yıllarda İsa Yusuf Alptekin ile birlikte çıkardıkları aylık Altay dergisi ve günlük Erk gazetesiyle mücadelesini sürdüren Buğra, yine Alptekin ile birlikte kurduğu Bilim Cemiyeti şemsiyesi altında bilimsel çalışmalar yaparken diğer yandan Türkistan Türk Milliyetçi Partisi’nin temelini oluşturmaya çalıştı.

12 Kasım 1949’da Doğu Türkistan komünist Çin hükümeti tarafından işgal edilince Mehmet Emin Buğra, İsa Yusuf başta olmak üzere bir grup dava arkadaşıyla birlikte ikinci defa Hindistan’a hicret etmek zorunda kaldı. Kendisiyle birlikte gelenler için güvenli bir yaşam alanı oluşturmak amacıyla 1949-1951 yıllarında yoğun bir diplomasi gerçekleştirdi. Hindistan Başbakanı Nehru ile görüştü. Birleşmiş Milletler Mülteciler Yüksek Komiserliği, Amerika Birleşik Devletleri Yeni Delhi Büyükelçiliği, Hint Dışişleri Bakanlığı ve Türkiye Cumhuriyeti hükümeti gibi mercilerin yanı sıra Kızılhaç ve Kızılay gibi kuruluşlara da başvurdu. Aralık 1951’de arkadaşları ve bir grup hemşerisiyle Türkiye’ye geldi. Başbakan Adnan Menderes, Türkiye Büyük Millet Meclisi Başkanı Refik Koraltan, Dışişleri Bakanı Mehmed Fuad Köprülü ve bazı siyasîlerle yaptığı görüşmelerin ardından 13 Mart 1952 tarihli Bakanlar Kurulu Kararnâmesi’yle Hindistan ve Pakistan’da bekleyen 1850 Doğu Türkistanlı mülteci Türkiye’ye getirildi.

1953’te Türkiye Cumhuriyeti vatandaşlığına geçen Buğra Ankara’ya yerleşti. Türkiye’deki sivil toplum örgütleriyle, bilhassa Batı Türkistanlı, Kafkasyalı, İdil-Ural ve Azerbaycanlı akraba topluluk liderleriyle iş birliğinin yollarını aradı. Bu kapsamda Türk Birliği ve Türk Ortak Cephesi gibi isimler altında Sovyet Rusya ve Komünist Çin’e karşı bir dizi siyasî çalışma yürüttü. 1954’te Tâif şehrinde düzenlenen Doğu Türkistan Kurultayı’na katılmak üzere Suudi Arabistan’a gitti. Kurultayda Doğu Türkistan meselesi için Milliyetçi Çin (Tayvan) hükümetiyle müzakerelerin başlatılmasına karar verildi. Mehmet Emin Buğra ile İsa Yusuf Alptekin Milliyetçi Çin liderleriyle görüşmeler yaptılar. Milliyetçi Çin’in bağımsız bir Doğu Türkistan fikrine olumlu yaklaşmaması üzerine görüşmeler sonuçsuz kaldı. Aynı yıl Ürdün’de düzenlenen Kudüs İslâm Konferansı’na katılan Buğra Doğu Türkistan davasını Arap-İslâm dünyasına anlatmaya çalıştı. Ardından Kahire’ye ikinci bir diplomatik ziyarette bulundu, burada önemli siyasî ve ilmî görüşmeler yaptı. 1958’de Karaçi’de düzenlenen Milletlerarası İkbal Konferansı’na “İkbal ve Türkistan” adlı Urduca bir bildiri sundu. Pakistan’ın Lahor ve Ravalpindi şehirlerinde Doğu Türkistan meselesi hakkında çalışmalar yaptı. 1960’ta Yeni Delhi’de düzenlenen Milletlerarası Sömürgeciliğe Karşı Asya-Afrika Halkları Konferansı’na İsa Yusuf’la birlikte katıldı, konferans sırasında çeşitli milletlerin delegeleriyle müzakerelerde bulundu. Aynı yıllarda Hindistan’da Dalai Lama ile Tibet sorunu ve Doğu Türkistan mücadelesinin durumunu görüştü. 14 Haziran 1965’te Ankara’da vefat etti.