Taşkent’te doğdu. Babası Buharalı Seyyid Nizameddin Töre Han, annesi Paşa Begüm’dür. 1864-1869 yılları arasında Hoten, Urumçi ve Turfan’daki mahallî beylikleri ortadan kaldırıp merkezi Kâşgar olan bağımsız Kâşgar Emirliği’ni kurmayı başaran Kâşgar Emîri Muhammed Yâkub Han’ın yeğenidir. Seyyid Yâkub ve Hoca Töre diye tanınır. Yâkub Han, Türkistan müslümanları arasında iç karışıklıkların artması, müslümanların Rusya ve Çin’in işgaline fırsat verecek bir zafiyet içinde bulunması, Buhara, Hîve ve Hokand hükümetleri arasında siyasî çekişmelerin artması üzerine Osmanlı hükümetinin desteğini sağlama göreviyle 1865’te Hokand Hanı Seyyid Sultan Han’ın elçisi olarak İstanbul’a geldi. Sadrazamlığa sunduğu tezkireye verilen cevapta, bölgedeki sıkıntılı duruma müdahale etmenin zorluğu belirtilmiş, müslümanların birlik ve beraberliğinin önemi vurgulanmış, elden gelen maddî ve mânevî desteğin verileceği ifade edilmiştir (Sadâret Tezkiresi, İrade Hariciye, nr. 12493; Saray, s. 72). Ülkesinde bir Nakşibendî şeyhine intisap ederek hilâfet alan Yâkub Han, İstanbul’da iken tasavvufî çevrelerle ilişki kurdu. Dönemin tanınmış Nakşibendî şeyhi Hacı Feyzullah Efendi’nin yanı sıra birçok şeyh ile görüştükten sonra Halvetî-Şâbânî şeyhi Mehmed Tevfik Bosnevî’ye intisap etti. Bosnevî’nin 1866’da vefatının ardından Mustafa Enverî Efendi’nin sohbetlerine katıldı.

Osmanlı hükümetinden istediği yardımı alamayan Yâkub Han, Hokand hanının güçlü veziri Âlikul’un öldürülmesi ve Taşkent’in Ruslar’ın eline geçmesi üzerine 1870 yılı başlarında hükümete Orta Asya’nın durumu hakkında uzun bir takrir sunarak İstanbul’dan ayrıldı. Kâşgar’a gidip dostu ve yakın akrabası Kâşgar Hanı Yâkub Beg’in hizmetine girdi. Orta Asya’yı aralarında paylaşarak istilâ eden Rusya ve İngiltere ile münasebetlerini dostane bir şekilde düzenlemeye çalışan Yâkub Beg 1872’de Yâkub Han’ı yardım istemek için Sultan Abdülaziz’e gönderdi. 16 Haziran 1873’te huzura kabul edilen Yâkub Han Türkistan’daki gelişmeleri, Kâşgar hükümetinin durumunu ve ihtiyaçlarını padişaha anlattı. Özellikle askerî sahada Osmanlı Devleti’nden yardım talep ettiklerini bildirdi. Neticede padişahın emriyle verilen yardım Süveyş üzerinden Bombay’a, oradan da Kâşgar’a ulaştırıldı. Bu yardımla altı adet Krupp topu, 1000 adet eski ve 200 yeni tüfekle barut imali için gerekli malzeme ve usta yollandı. Kâşgar ordusunun yetiştirilmesi amacıyla istihkâm subayı Ali Kâzım Bey, piyade subayı Mehmed Yûsuf Bey, süvari zâbiti Çerkez Yûsuf Bey, topçu zâbiti İsmâil Hakkı Bey ile dört emekli subay Enderun’dan Murad Efendi’nin başkanlığında Kâşgar’a gönderildi. Bu olaydan sonra bölgede hutbeler Sultan Abdülaziz adına okunduğu gibi paralar da onun adına basıldı. Yâkub Beg’e Osmanlı Devleti tarafından verilen emirlik unvanının ilânı merasiminde o sırada Kâşgar’a gitmiş olan İngiliz elçilik yetkilileri de hazır bulundu (Saray, s. 109). Yâkub Han, Kâşgar’ın Çin işgali tehdidiyle karşılaşması dolayısıyla Osmanlı elçilik heyeti başkanı Murad Efendi ile birlikte 1876’da tekrar İstanbul’a geldi. Osmanlı hükümeti kendisine İngilizler’in desteğinin alınması ve Rusya ile iyi ilişkilerin kurulmasını tavsiye etti. Bunun üzerine Yâkub Han önce Petersburg’a, oradan Londra’ya gidip Rus ve İngilizler’in desteğini almak için yetkililerle görüşmeler yaptı. Emîr Yâkub Beg’in 1877’de vefatından sonra Kâşgar’ın Çinliler tarafından işgal edilmesinin ardından bir defa daha İstanbul’a giden Yâkub Han, Sultan Abdülhamid’e başvurarak Kâşgar’ın Osmanlı Devleti’ne bağlı bir ülke olduğunu, bu sebeple Çin istilâsının protesto edilmesini, Çin hükümetinin işgale son vermesi için aracılık yapılması konusundaki taleplerini arzettiyse de Doksanüç Harbi yüzünden olumlu bir cevap alamadı.

Siyasî görevlerinin yanı sıra Mustafa Enverî Efendi’nin vefatının (1872) ardından bir Halvetî-Şâbânî şeyhi olarak irşad faaliyetine başlayan Yâkub Han, Sultan Abdülhamid döneminde muhtemelen 1879 yılı sonlarında İzmir’de mecburi ikamete tâbi tutulmuş, oradan Hindistan’a sürgün edilmiştir. Yâkub Han, Delhi’de yirmi yıla yakın irşad faaliyetinde bulunup Şâbâniyye tarikatını yaydı ve burada vefat etti; İmâm-ı Rabbânî’nin mürşidi Bâkī-Billâh’ın yanına defnedildi. Türk mûsikisinin son dönemdeki önemli temsilcilerinden Abdülkadir Töre, Yâkub Han’ın oğludur. İstanbul’da kaldığı sıralarda halifeler yetiştiren Yâkub Han, Hindistan’a giderken yerine Edremit-Ayvacıklı Hacı Kâmil Efendi’yi (ö. 1912) vekil tayin etmişti. Mürşidi Yâkub Han’ın vefatını duyunca “Bende sırr-ı vekâlet kalmadı” diyerek inzivâya çekilen Kâmil Efendi, Elmalılı Muhammed Hamdi Yazır’ın şeyhidir. Yâkub Han’dan feyiz alan Seyyid Mahmud Celâleddin Efendi, Üsküdar Vâlide-i Atîk Şâbânî Dergâhı’nda postnişin olmuş, burada Vird-i Yahyâ’yı okurken vefat etmiştir (1919). Yâkub Han’ın damadı Ahmed Nazmi Efendi (ö. 1924) Fuṣûṣü’l-ḥikem, el-Fütûḥâtü’l-Mekkiyye ve Mes̱nevî okutma geleneğini sürdürmüş, kayınpederinden sonra aynı dergâhın şeyhliğine getirilmiştir. II. Abdülhamid’in başimamı Muhammed Râşid Efendi, Yâkub Han’ın halifesidir. Mustafa Enverî Efendi’nin oğlu ve Nalçacı Dergâhı’nın son şeyhi bestekâr İhsan Efendi de (İyisan) Yâkub Han’ın damadıdır.