Çarlık Rusya Türkistan hanlıklarından Hokand ve Hive Hanlıklarını işgal ettikten sonra, bölgeyi Türkistan Askeri Valiliği aracılığı ile yönetmiştir. Yerel halk zaman zaman Rus idaresine karşı duruş sergilemiştir. Bunlardan etki alanı ve mahiyeti diğerlerine göre oldukça güçlü olan 1898 Fergana Olayları oldukça dikkat çekicidir. Olaylara Nakşibendi tarikatından Dükçü Muhammed Ali Sabiroğlu adında bir şeyh liderlik etmiştir. Bu sebeple Fergana olayları idare tarafından İslami fanatizm olarak nitelendirilmiştir. Olayların failleri ve dönemin şartları değerlendirildiğinde, Rus yönetimi tarafından hayata geçirilen 1886 tarihli ekonomik düzenlemelerin toplumsal, ekonomik, dini ve siyasi dengeleri derinden etkilediği görülmektedir. Bozkır kültüründe yaşayan Kırgızlara yerleşmeleri için yapılan ekonomik baskılar ve vakıflara el konulması, olayların yaşanmasını tetikleyen baş amiller olarak değerlendirilmektedir.