XVII. yüzyılın ilk yarısında Tanrı Dağlarının kuzeyinde İli merkezli Cungarya Hanlığı kurulurken, güneyinde ise Ak Dağlılar ve Kara Dağlılar olmak üzere iki Hocalar güruhu birbirine karşı kıyasıya mücadele ediyordu. Yarkent Hanı İsmail Han tarafından saf dışı bırakılan Ak Dağlıların dinî lideri Apak Hoca’nın yardım talep etmesi üzerine Cungarların, ‘Küçük Buhara’ olarak da bilenen Kaşgar’ı ele geçirmelerinin yolu açıldı. Bu sırada önce Kumul’u ardından da Turfan’ı Cungarların elinden almayı başaran Mançular da, Doğu Türkistan’ın doğusunda varlık göstermeye başladılar. 1755 yılında Cungarya’yı ele geçiren Mançular, Cungarların izledikleri politikayı uygulayarak Tanrı Dağlarının güneyine doğru hareket etme kararı aldılar ve 1759 yılında Doğu Türkistan’ın ilk istilâsını gerçekleştirdiler. Aralarındaki bitmek bilmeyen cidâl ve kavgalar Hocaları, vatanlarını istilâya başlayan Cungarlara ve de Mançulara karşı birlikte karşı koymaktan alıkoydu.