17 Ramazan 844/9 Şubat 1441’de Herat’ta doğdu. Timur’un torunlarının hizmetine girmekle birlikte Bâbür Şah’ın sarayında da önemli bir mevki sahibi olan Uygur kabilesinden Kiçkine Bahşi’nin oğludur. Anne tarafından dedesi olan Emîr Ebû Saîd Çiçek, Hüseyin Baykara’nın dedesi Baykara Mîrzâ’nın uluğ beyi/beylerbeyi idi. Bu durum, Alî Şîr’in Hüseyin Baykara ile daha çocukluk döneminde tanışıp arkadaş olmalarına, birlikte ders almalarına ve ileriki dönemlerde bir araya gelmelerine sebep olmuştur. Dört yaşına geldiğinde okula gönderilen Alî Şîr, kısa zamanda yaşıtları arasında temayüz etti. Şâhruh’un ölümünden sonra çıkan karışıklıklar üzerine Kiçkine Bahşi o sırada altı yaşlarında olan Alî Şîr’i de yanına alarak Yezd üzerinden Irak’a gitti. Bu yolculuk esnasında uğradıkları Teft şehrinde Timur döneminin önemli tarihçisi ve Zafer-nâme müellifi Şerefüddîn Alî-i Yezdî’nin hângâhında konaklayan Alî Şîr, onunla tanışıp görüştü. Horasan’da vuku bulan karışıklığın son bulmasıyla Kiçkine Bahşi, Alî Şîr’i de yanına alarak 856/1452’de tekrar Horasan’a döndü. Bu zaman zarfında Bâbür’ün hizmetine giren Kiçkine Bahşi bir süre Sebzvar şehri emirliğinde bulundu. Alî Şîr’i de Bâbür’ün himayesine verdi. Alî Şîr, küçüklüğünden itibaren hem Mîrzâ Baykara’nın torunu, Emîr Gıyâseddîn Mansûr’un oğlu olan Hüseyin Baykara ile birlikte büyüdü hem de birlikte öğrenime başladı. Aralarında ölünceye kadar sürecek olan dostluğun temelleri bu yıllarda atıldı. 860/1456 yılında Ebu’l-kâsım Bâbür Meşhed’e giderken Hüseyin Baykara ile Alî Şîr’i beraberinde götürdü. Bâbür 861/1457’de Meşhed’de vefat edince Hüseyin Baykara Merv’e geri döndü. Alî Şîr ise hemen geri dönmeyip bir müddet daha Meşhed’de kaldı ve öğrenimine burada devam etti. Bâbür’ün ölümü üzerine hâmisiz kalan Alî Şîr, Timurlular’ın kuşçu emirlerinden Seyyid Hasan Erdeşîr’den destek ve ilgi gördü. Alî Şîr, Meşhed’de İmâm Rızâ Medresesi’nde tahsil görürken pek çok İranlı âlim ve şâirle tanıştı, birçoğundan da ders aldı. Vaktinin çoğunu kitap okumakla geçiren Nevâyî, bazen Emîr Dervîş Muhammed Tarhan ve Emîr Ahmed Hacı ile sohbet etti. Arap aruzunun üstadı sayılan Dervîş Mansûr’dan aruz ilmini tahsil etti. Kıraat ilmini ise Mevlânâ Alî-i Câmî’den öğrendi. Babasının vefatı üzerine 1464’te Meşhed’den Herat’a dönen Alî Şîr, Ebû Sa’îd Mîrzâ’nın hizmetine girdi. Ancak Hüseyin Baykara ile olan yakınlığından dolayı ondan fazla ilgi göremeyince Semerkand’a gitti ve Hâce Celâleddîn Fazlullâh Ebu’l-leysî’nin medresesine iki sene devam etti. Bu süre zarfında Ebu’l-leysî’nin gözde talebesi oldu. Ebû Sa’îd Mîrzâ’nın, 873/1469’te Akkoyunlu hükümdarı Uzun Hasan’ın üzerine yürüdüğü sırada Karabağ’da yakalanarak öldürülmesinden sonra Hüseyin Baykara Horasan’ı ele geçirip Herat’ta Timurlular tahtına oturdu. Akabinde arkadaşı ve yakın dostu olan Alî Şîr’i yanına çağırdı. Herat’ın alınışından takriben bir ay sonra buraya gelen Alî Şîr, Sultân Hüseyin’e meşhur “Hilâliyye” kasidesini sundu ve onun hizmetine girdi. Hüseyin Baykara, Alî Şîr’e “mühürdârlık” görevini verdi. Bu tarihten sonra devlet işleriyle de ilgilenmeye başlayan Alî Şîr, ölünceye kadar sadakatle ona hizmet etti. Bağlılığının bir nişanesi olarak Mecâlisü’n-Nefâ’is adlı tezkiresinin sekizinci bölümünü bütünüyle ona tahsis etti. Diğer eserlerinde de yer yer Hüseyin Baykara’dan bahseden Alî Şîr, eserlerinin bir kısmını ise doğrudan onun adına yazdı. Hatta o sıralarda vergi yüzünden ortaya çıkan bir ayaklanmayı Alî Şîr dirayetle önledi. Ayrıca Şâhruh’un torunu Mîrzâ Yâdigâr Muhammed’in, Uzun Hasan’ın desteği ile Herat üzerine yürüyüp şehri ele geçirmesi olayında Alî Şîr’in emrindeki kuvvetlerle şehre girip Mîrzâ Yâdigâr Muhammed’i yakalayarak tahtı kurtarması, onun hem Hüseyin Baykara’ya olan sadakatini hem de büyük bir idareci olduğunu göstermektedir. 876/1472 yılında “Emîr” yani “Dîvân beyi” unvanını alan Alî Şîr, aynı zamanda sultanın nedimi oldu. Hükümdardan sonra idarede söz ve en büyük nüfuz onundu. Mührünü evrakın üstüne değil de altına basarak başlattığı yeni usul daha sonra resmî âdet haline geldi. Devlet idaresinde Hüseyin Baykara’nın yanında sahip olduğu mevki ve nüfuza rağmen idarî işlerden uzak kalmak istiyordu. 881/1476 yılında büyük hürmet ve takdir beslediği devrin önde gelen siması Abdurrahmân-ı Câmî’nin terbiyesine girerek Nakşbendî tarikatına intisap etti. 884/1479 yılında, Ebû Sa’îd Mîrzâ’nın oğlu Mîrzâ Ebû Bekir’in ayaklanmasını bastırmak için Esterâbâd’a yürüyen Hüseyin Baykara, Herat’ta nâib olarak Alî Şîr’i bıraktı. 888-890/1483-1485 tarihleri arasında Hamse’sini tamamladı. 892/1487 yılında Esterâbâd valiliğine gönderildi. Bir yıl bu görevde kaldıktan sonra 893/1488’de görevden affını istedi, kabul edilince Herat’a döndü. Kardeşi Dervîş Alî’nin isyanı ile çok sevdiği Seyyid Hasan Erdeşîr’in ölümüne (894/1489) çok üzüldü ve Seyyid Hasan-ı Erdeşîr’in hayatı, faziletleri ve münasebetlerini ihtiva eden risalesini kaleme aldı. Ayrıca Alî Şîr bu olay üzerine 895/1490 yılında dîvân beyliği görevinden ayrılarak sadece sultanın nedimi olarak hizmetini sürdürmeye başladı. Alî ŞîrNevâi‘ye büyük bir saygı duyan Hüseyin Baykara 1490’da bir ferman yayınlayarak herkesin şâire hürmet göstermesini emretti. 897/1492 yılında yakın dostu, mürşidi ve üstadı Abdurrahmân-ı Câmî’nin ölümü de Alî Şîr Nevâi’yi derinden etkileyen bir başka hadise oldu. Hamsetü’l-Mütehayyirîn adlı eseri bu yıllardaki duygularının ürünüdür. Bazı saray entrikaları, Hüseyin Baykara’nın oğulları ve torunları ile olan münasebetleri, şehzadelerin taht kavgaları Nevâi’yi fazlasıyla üzdü. 903/1498 yılında teselli için Meşhed’e gitti, bir müddet orada kaldıktan sonra Hacc’a gitmek için saraydan izin istediyse de yolların güvenli olmayışı sebebiyle izin verilmeyince Herat’a döndü. Burada 12 Cemâziyelâhir 906/3 Ocak 1501 Pazar günü vefat etti ve hayattayken hazırlattığı Kudsiyye Câmii yanındaki kabre defnedildi.